Keberadaan Program Pascasarjana Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya (PPSFKUB) berawal dari berdirinya Program Pascasarjana Universitas Brawijaya (PPSUB) yang dirintis sejak tahun 1981. Rintisan ini diawali dengan kerjasama antara Universitas Brawijaya dengan Universitas Gajah Mada untuk menyelenggarakan Program Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) UGM – UNIBRAW. Setelah sebelas tahun berstatus program KPK UGM-UNIBRAW, maka berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 104, 105, 106/Dikti/Kep/93, sejak tanggal 27 Februari 1993 Program Pascasarjana Universitas Brawijaya melakukan kegiatannya secara mandiri dengan tiga Program Studi S2. Pada tahun akademik 1998/1999 PPSUB menyelenggarakan 12 program studi S2 dan satu Program Studi S3 Ilmu Pertanian. Di dalam perkembangannya, pada tanggal 5 Juni 2000 atas dasar SK Dirjen DIKTI nomor 173/DIKTI/KEP/2000 Program S3 Ilmu Kedokteran dibuka, sehingga sejak tahun akademik 2003/2004 Program PPSUB menyelenggarakan 20 Program Studi S2 dan lima Program Studi S3.

Pada awalnya Program S3 Ilmu Kedokteran memiliki 1 (satu) minat kekhususan dalam ilmu kedokteran, yaitu: Ilmu Biomedik, tetapi sejak tahun ajaran 2001/2002 program studi ilmu kedokteran menambah minat kekhususan yaitu bidang Biologi Reproduksi dan Teknologi Kedokteran di samping Ilmu Biomedik.

Sejalan dengan perkembangan pada tahun akademik 2005/2006 Program S3 Ilmu Kedokteran membuka proses pembelajaran dengan sistem ”by research”. Pada dasarnya program pendidikan doktor Ilmu Kedokteran ”by research” adalah pendidikan yang sifatnya mandiri, pelaksanaan pendidikannya adalah dalam lingkup komunitas ilmu kedokteran.

Atas dasar SK Rektor nomor 30/SK/2006 dan SE Rektor nomor 2012/J10/LL/2006 yang mewajibkan bahwa setiap program studi S2 dan S3 harus berada di bawah fakultas masing masing maka sejak semester genap tahun akdemik 2008/2009  Program S3 Ilmu Kedokteran telah berada di bawah Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya (FKUB) dan sesuai  dengan SK nomor 002/BAN/PT/AK/IX/S3/VI/2010 tertanggal 11 Juni 2010, maka ditetapkan  Program S3 Ilmu Kedokteran sebagai Program Doktor Ilmu Kedokteran (PDIK) FKUB dengan  peringkat akreditasi B.